Інфопакет

Філогенетичний аналіз

Вибіркова дисципліна для ОП

Другий

2021/2022

3 Семестр

4

ПР2. Використовувати бібліотеки, інформаційні бази даних, інтернет ресурси для пошуку необхідної інформації ПР04. Розв’язувати складні задачі в галузі біології, генерувати та оцінювати ідеї. ПР06. Аналізувати біологічні явища та процеси на молекулярному, клітинному, організменному, популяційно-видовому та біосферному рівнях з точки зору фундаментальних загальнонаукових знань, а також за використання спеціальних сучасних методів досліджень. ПР11. Проводити статистичну обробку, аналіз та узагальнення отриманих експериментальних даних із використанням програмних засобів та сучасних інформаційних технологій. ПР18. Моделювати об’єкти і процеси у живих організмах та їхніх компонентах із використанням математичних методів й інформаційних технологій

Очна форма

1. Успішне опанування курсів "Екологія", "Ботаніка", "Зоологія", "Молекулярна біологія", "Мікробіологія", "Вірусологія", "Загальна генетика", "Біоінформатика". 2. Вміти самостійно застосовувати знання з молекулярної біології, генетики, ботаніки, зоології та ін. дисциплін, виконувати практичні роботи, працювати з науково-методичною літературою. 3. Володіти елементарними навичками роботи зі комп’ютерними програмами та базами даних, що використовуються для пошуку та аналізу ознак (послідовностей ДНК та білків, морфологічних та екологічних особливостей таксонів тощо).

Філогенетичний аналіз є сучасним підходом для вивчення еволюційної історії організмів та їх спорідненості між собою у багатьох біологічних науках (генетика, мікробіологія, вірусологія, зоологія, ботаніка тощо). В рамках дисципліни “Філогенетичний аналіз” студенти мають можливість ознайомитися з теорією і практикою філогенетичного аналізу, оволодіти навичками його проведення, навчитися формулювати еволюційний сценарій за наявним філогенетичним деревом. Дисципліна “Філогенетичний аналіз” є складовою циклу професійної підготовки фахівців освітнього рівня “магістр”, її теоретичне ядро складають такі науки як теорія еволюції та статистичний аналіз. Разом з тим, вона тісно пов’язана з такими дисциплінами, як біорізноманіття, систематика, біо- та філогеографія, еволюційна морфологія тощо.

Ней М., Кумар С. Молекулярна еволюція і філогенетика. – К.: КВІЦ – 2004, 418 с. Bioinformatics: a practical guide to the analysis of genes and proteins, 2nd Ed / A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette. – New York: John Wiley & Sons, 2001. – 455 p. Delsuc F., Brinkmann H., Philippe H. (2005). Phylogenomics and the reconstruction of the tree of life // Nat Rev Genet. – 2005. – Vol. 6 (5). – P. 361–375. doi:10.1038/nrg1603. Mount D.W. Bioinformatics: Sequence and genome analysis. – Cold Spring Harbor Laboratory Press - 2001, 564 p. The Phylogenetic Handbook/ Edited by P. Lemey, M. Sameli, A-M. Vandamme. – Cambridge: Cambridge University Press. – 2009, 723 p. Xiong J. Essential Bioinformatics. – Cambridge: Cambridge University Press. – 2006, 339 p. Genomic analysis of European Drosophila populations reveals longitudinal structure and continent-wide selection // M Kapun, MG Barrón, F Staubach, J Vieira, DJ Obbard, C Goubert, ...Serga SV…et al. 2018. bioRxiv, 313759

Лекції, самостійна робота, практична робота, доповідь

1. Модульна контрольна робота 1 – РН 1.1-1.3, 2.1, 2.2, 3.1, 4.1 – 20 балів/ 10 балів 2. Модульна контрольна робота 2 – РН 1.1-1.3, 2.1, 2.2, 3.1, 4.1 – 20 балів/ 10 балів 3. Модульна контрольна робота 3 – РН 1.1-1.3, 2.1, 2.2, 3.1, 4.1 – 20 балів/ 10 балів 4. Доповідь за результатами сам. роботи 1 - РН 1.1-1.3, 2.1, 2.2, 3.1, 4.1 – 10 балів/ 5 балів 5. Практичні роботи – РН 1.1-1.3, 2.1, 2.2, 3.1 – 30 балів/ 15 балів - підсумкове оцінювання: у формі заліку

Українською